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2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 　　另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 　　2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 　　2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。本作讲述的是这样一个故事：回到王立警察特殊犯罪捜査课的天才搜查官基思（キース・フリック）追寻着某个事件的犯人。该犯人是专门猎杀凶恶犯罪者的连续杀人犯，通称“Killer B”。在犯罪现场必然会刻下的“B”的文字引起了人们的注意和猜测。“B”其实是为了她的留言。“我在这里……”即使是身体变成了异形，黑羽也继续刻下无法传递的思念。基思和黑羽，两个未曾相见的人的命运终于被一个同样的阴谋卷在一起。。