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应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！ 故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……。一对曾经恩爱现已离婚的夫妻，不得不继续在音乐剧《驯悍记》中扮演主角。而这部音乐剧排练的过程并不顺利，一方面，是因为剧组要应对前情侣们的争执，再一个，就是有一伙黑帮，他们想要拿回属于自己的钱。。两个自童年已是好朋友的学生一起为功课制作一部短片，二人因剧情需要而接吻。这亲密的一刻引发了一连串事件的连锁反应，由最初一些让他们挥之不去的问题：如他们的爱好，他们的性取向，到后来甚至改变了他们之间友谊的性质和关系，甚至更广泛地改变了他们的社交圈。。