简介
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。米高任特种部队时，曾参与拯救波斯尼恐怖分子挟持的人质，可惜任务失败人质被杀，米高侥幸逃脱。退役后米高任职私人保镖，其老板在机场为枪手伏击身亡，其妻在机场逃过大难后，回到家中再次受击，米高因而被革职，米高追查下，发现凶手竟是两年前恐怖分子首领，其时米高的行动受阻，而一起查案的探员的女儿亦被绑架，令案情更加复杂......。