简介
黑锹小角（小林昭二 饰）率领的忍者军团行动失败，柳生鞘香（松尾嘉代 饰）带领其麾下的女子刺客军团继续追踪拜一刀父子的踪迹。
阿波藩的蓝玉制造密法被幕府盗走，拜一刀（若山富三郎 饰）受聘刺杀盗走密法之人。一路上拜一刀父子不断受到柳生鞘香女子军团的袭击，但都一一化解。拜一刀登上护送之船，柳生鞘香亦尾随而来，有所察觉的保镖弁天来三兄弟放火烧船后逃走，拜一刀父子连同鞘香逃出生天。
弁天来三兄弟逃至沙漠，击溃在此等候的阿波藩刺客，却最终无法避免与拜一刀的生死决战……。具有强大力量的电子生命体——像素霸主诞生了！他麾下的干部“天线博士”率先来到现实世界，召唤出不同的像素怪人，通过城市破坏来搜集经验值，让像素霸主能够降临世间，统治世界！
为了守护地球安全，迷你特工队使用全新装备“超次元召唤器”来对抗像素霸主！被称作“天才玩家”的人类男孩小凯，意外激活了超次元召唤器的真正力量！并且，凭借自身的强大能量和玩家经验，小凯能够为迷你特工队充能、提升战斗力，破解像素怪人作乱的招式，双方逐渐成为默契十足的搭档！
迷你特工队和小凯在嘻闹玩乐的日常生活、并肩作战的战场经历中，一步步成长为更加优秀的战士，也收获了更加深厚的友谊。他们共同努力着，终于粉碎了像素霸主征服世界的阴谋！。