简介
人们总是惧怕未知，但是又对莫名的力量充满着敬畏和憧憬；人们总是排斥着异类，但是又总是希冀着与众不同。 舍弃了自己名字，而用能力命名的“代码”背负着神秘的箱子来到唐海市，在深林中遭遇了一场完美的伏击。环环紧扣的圈套像是为他量身打造的一般，将他的“爪牙”束缚而被迫束手就擒。当天使团四女赶至的时候，一颗子弹堪堪射入代码的额叶。代码眼中只是定格了沉默寡言的默默关切的脸。 代码的失忆，箱子的失踪，在唐海市注定引起一场腥风血雨。。市立见泷原中学，又迎来平静祥和的一天。就读于二年级的女孩鹿目圆（悠木碧 配音）和朋友美树沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）尽情讨论恋爱的话题，享受少女的快乐青春。这时班上转来了名叫晓美焰（斋藤千和 配音）的新生，这个带着些许神秘气质的女孩让小圆颇感疑惑。与沙耶加下学回家路上，小圆听到呼救声，声音来自一只浑身伤痕累累的未知生物，而追杀它的正是晓美焰。危急时刻，她们得到同为见泷原中学学生的魔法少女巴麻美（水桥香织 配音）的帮助，进而得知那只名叫丘比的生物有能够帮助人变成魔法少女的能力。少女们无意间开启了通往另一个世界的大门……
本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。。