简介
2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激 化，SEELE派出军队进攻NERV，在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海，只有碇真嗣和明日香留了下来。。故事开始于一个北方的小城市，张童是个普通的上班族与妻子安宁过着平凡而安定的生活，一天悲剧突然降临在他身上，打开家门的张童发现妻子死在家中，尽管有许多证据表明有他杀的可能，随后而来的刑警却定性为自杀……
悲愤的张童决心寻找证据证明是一起谋杀案，他在整理妻子遗物时发现一本日记和记数的账本。
日记里有个叫陶大伟的医生渐渐引起他的怀疑，陶不仅与安宁关系密切而且有经济来往，张童在对陶大伟的调查中发现，他不仅仅是个普通医生而且掌握药品采购的大权，传言与他某市领导私交甚笃，正在此时，陶大伟主动找到张童，给了他公司一大笔采购定单，而且指定张童负责，面对巨额的提成张童心动了，正是这心动让他陷入一个致命的阴谋……。