简介
上回的主角“海龟”森美和朋友阿威（杜汶泽配音）已升级做爷爷，凑住两个乖孙：里奇同恩娜出海。谁不知未出海就被人类捉住上船，并遇上有精神分裂的“龙虾”劳苏（郑丹瑞配音）和扮死高手“怪鱼”尖波（卢海鹏配音），原来他们正要被送往全球最庞大最奢华的高科技人造水世界做展品，森美和阿威更在途中同两个乖孙失散！
被困在海底监仓的森美和阿威，认识到各种外型趣怪性格可爱的海洋朋友，有“烂gag小丑鱼”杜斯、“扁头鲨鱼”...。创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。 另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。 而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…。王致和（谷峰 饰）无意得到通灵玩意，许下三个愿望，虽然愿望灵验之极，结果落得家散人亡；风尘女孟薇（陈维英 饰）被情人林坤全（思维 饰）害死，变成水鬼复仇；艳丽女子萧云玉（楚湘云 饰）香消玉殒后，仍不断在人间走动，盗坟贼欲挖开萧云玉坟墓盗取陪葬珠宝，终被萧云玉追杀致死……。