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故事发生于彗星撞地球之后，大地陷入了一片黑暗之中，气温下降，瘟疫横行，一切规则都不再适用于人类，社会还原为了弱肉强食的最原始的形态。一群恐怖分子袭击了一个车队，一位名叫克里斯汀（巴巴拉·克兰普顿 Barbara Crampton 饰）的女子成为了唯一的幸存者，克里斯汀身怀六甲并且有着非常特殊的身份——她体内被植入了能够治愈瘟疫的基因。 没过多久，恐怖分子首领雷（布赖恩·詹尼斯 Bryan Genesse 饰）就通过卫星系统锁定了克里斯汀的所在，对她展开了疯狂的迫害。幸运的是，克里斯汀得到了名叫罗兰德（盖瑞·丹尼尔斯 Gary Daniels 饰）的男子的出手相救，他是她已故丈夫的双胞胎弟弟。。故事开始于墓地，Horatio Caine正在教堂向神父告解，外面传了一阵枪声...虽然破案，但也为季末做了铺垫。 本季加入了CSIer的一些故事，Eric Delko被牵涉到大麻事件中去，遭到了内务部的调查。Ryan Wolfe一次调查中被针子射伤了眼睛，影响了视力。Horatio Caine因为Eric的事情认识了他的姐姐Mari，最后还结为夫妻。而这一季的主线是实验室里出现了内奸，谁是内奸也搞得实验室里人心惶惶，而这内奸会在第25集里出现。 另外第25集也给下一季做了一个铺垫，因为第1集出现的黑帮向Horatio报仇，射杀了他的妻子，而因为FBI的介入，黑帮份子被押到了巴西，Horatio和Eric为了将他绳之于法，决定也随去。。