简介
创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。 另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。 而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…。在遥远的未来，银河系边缘的堤拉兹惑星是一个只有男人而没有女人的殖民星球。原来人类在移民的途中飞船发生事故，最后只有六位男性幸存了下来。现在堤拉兹惑星上的人都是这六位人类男性利用生物技术留下的后代，他们分别住在由遗传了这六人细胞和记忆的克隆人领导的六个国家里。为了取代女性的作用，人们以人类女性为参照制造了机械人偶。住在日本国的间宫小樽由于机缘巧合唤醒了三位带有少女回路的机械女神莱姆、樱桃和红莓，在他的关爱下，三位人偶的少女回路不断成长，而小樽也逐渐了解到三人身上所带的少女回路的真正含义……。