简介
位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！。1931年夏，从西山女中毕业的林道静为了追求自由，选择了抗婚出逃，走投无路的她觉得天下之大却没有她的容身之所，茫然之下想要投海自尽，被大学生余永泽救回。热情而多才的余永泽一下子感动了林道静。 在北平，林道静结识了进步学生、共产党员卢嘉川、江华等人，明白了许多革命救国的道理。而在这些问题上，余永泽却和自己有着截然不同的观点。在一次学生运动中，卢嘉川因为余永泽的不肯帮助而遭到被捕。 林道静毅然离开了余永泽，加入到了风起云涌的爱国学生运动中。当局一次次的陷害和逮捕让林道静成长为一名成熟的学生运动领袖。 在又一次的爱国游行运动中，林道静走在队伍的最前列。 古老的中华大地，回荡着这代青年用鲜血和生命谱写的青春之歌……。