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1996年，四年级学生塞西尔·史蒂文斯每次说出自己的名字时都会想起他可怕的口齿不清，为了避免被社会嘲弄，塞西尔决定把他难以发音的名字改为——迈克尔·乔丹。離羽田機場不太遠的東京大田區的下町有著各式各樣的氛圍，有一間以漫畫為中心的舊書店「九十九堂」，店的主人是九十九櫻(52)。 舊書店的深處有一個稱為“たまりば”的房間，在那裡聚集無處可去的人。於是，主人櫻會深入探究，請吃免費的親子丼，空腹被滿足的人，開始一點一滴對櫻訴說自己的事。。东叶月（能登麻美子 配音）爱上了身为同性的初美（清水爱 配音），然而，她深爱的人儿却在十六岁生日那天莫名消失了。为了寻找初美，叶月来到了图书馆，在这里，等待着她的是名叫莉莉丝（小林沙苗 配音）的图书管理员。莉莉丝告诉叶月，初美的真身其实正是创世始祖夏娃，此时的她正在无数个平行空间里的某一个中生活。 莉莉丝意外发现叶月的样貌和亚当很像，因此而爱上了她，于是，两人结伴，踏上了寻找初美的旅途。穿越在一个又一个迥异的世界中，遇见各种各样的旅人，叶月和莉莉丝并不知道，这趟旅途的终点在哪里，亦不知初美是否会在那里等待着她们。。