简介
一个摇滚乐队的鼓手突然发现自己失聪，他的乐队搭档露和他都很懊恼，但又不得不面对这残酷的现实。。经历了高二文理分班，陈末和他的一帮好友，品学兼优的苏舟、老气横秋的姚从良、古灵精怪的于贝贝、努力学习可成绩依然上不去的赵小雨，幸运地重聚高二三班文科班。 新学期，在教室的那一间里，又有新的成员加入，呆萌耿直的乡村转校生，铁面无私的霸气女班长，爱哭的新手实习班主任……。应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷，冬树与KERORO回到了东京。不过这时，最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样，但与KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是？……。