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故事承接第一季《黑爵士一世》，讲述六十年后的都铎王朝伊丽莎白一世时期的故事。金雀花王朝此时已经灭亡，由伊丽莎白一世（米兰达·理查森 Miranda Richardson 饰）继承王位。而这位像她的家族一样疯狂的女王，虽然性感诱人，却又极为情绪化。她一直都在寻找理想中的丈夫。伊丽莎白一世拥有一个最具权威的宫廷弄臣埃德蒙·黑爵士（罗温·艾金森 Rowan Atkinson 饰），他是《黑爵士一世》中埃德蒙王子的曾孙。 此次，埃德蒙摇身一变成为愤世嫉俗又充满智慧的冷酷朝臣，欲借娶伊丽莎白一世而篡夺王位。爱耍小聪明的农民鲍德里克（托尼·罗宾逊 Tony Robinson饰）和愚蠢的贵族珀西（蒂姆·麦克纳尼 Tim McInnerny饰），再次协助埃德蒙展开啼笑皆非的夺权计划。然而，伊丽莎白一世的得力助手曼彻特主教（斯蒂芬·弗雷 Stephen Fry 饰）一直在忠心耿耿的暗中辅佐她，免于王位落入埃德蒙之手。。宋莲生乃一江湖郎中，浪荡不羁医术高超，在长沙行医时巧遇绣庄庄主无双，被她深深吸引，于是在绣庄门前开起了门诊，并应允无双的请求帮助东林党购置大量伤药，违反了朝廷规定而面临死罪，由于九芝堂老板的妙计，宋莲生得以获救，后来又因此事与地痞齐大头结怨，抢救了闻世堂无能为力的病人，此堂名声大跌又遭仇视，更因为误会无双而离开长沙，地在途中发现当地闹瘟疫，疫算将蔓延至长沙，他即刻返回通知九芝堂大量购药，并控制药材销售，瘟疫得以控制，圣上欲赐堂号给立功的药房，闻世堂吴老太医的侄女如月使出坏招，令九芝堂名声受损。逢九芝堂药材短缺，无双患重病，宋莲生无奈 只得问闻世堂求助，如月又使用计谋令宋莲生被逐出长沙，无双亦带着支离破碎的心前往南京……宋莲生生性善良、好打抱不平，却在长沙被迫几度离返，可谓世事难料，人心叵测。。