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东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。以为在拍时代剧的仁险遭殃及，所幸被青年武士橘恭太郎（小出惠介饰）所救。仁随负伤的恭太郎回到橘家，在极其简陋的条件下为其进行了手术。目睹手术全过程的恭太郎之妹橘咲（绫濑遥饰）深受触动，对仁产生了浓厚的兴趣。次日早晨，仁从咲口中得知震惊的事实：自己竟穿越到了幕末的江户时代！ 自此，偌大的历史画卷逐渐铺现。以仁在医学所的浮沉及自立门户后的众多医疗事件为主线，不仅坂本龙马、胜海舟、绪方洪庵、新撰组等人物/组织悉数登场，仁更邂逅了与自己在现代的未婚妻样貌惊人相似的美丽花魁野风（中谷美纪饰）。深感命运神奇的仁在试图将现代医疗技术引入江户的同时，...。继《银魂》动画最终篇《银之魂篇1》，《银之魂篇2》也将于2018年7月开始播出。。