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该剧讲述了以法医夏萤为关联点的重案队通过对一系列疑案的疑点分析、线索摸排和解剖分析，还原事情案件真相，惩凶缉恶，守卫光明的故事。。清末，沧州民间神医喜来乐因得罪朝廷权贵，被流放东北。时至庚子年八国联军入侵北京，喜来乐又被卷入时代的漩涡中。侵略者水土不服身染怪病，西医束手无策，喜来乐的死对头向洋鬼子举荐其当军医。但他不愿当汉奸，故而出逃以致身陷匪巢，却意外受到匪首之女金山娇的赏识。这个忠肝义胆女强人，给喜来乐的命运带来了巨大的改变，因为喜来乐，她闯皇城、入军营、劫法场，又随其到西安为太后和皇上治病。期间她与已成为喜来乐正室夫人的赛西施发生摩擦，最终由抵触到接受。国难当头，宫廷的内斗却并没有终止，喜来乐身处党争之中，左右为难。凭借医术和智慧，他在慈禧、光绪、袁世凯和侵略者面前最终坚强地活了下来。最后，侵略者撤军，太后和皇上先后辞世，袁世凯等军阀掀开中国战乱的序幕。喜来乐对大清国彻底厌烦和绝望，他带领全家再次避往关东。。