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谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）重新聚在一起。原来一档旨在揭露政治黑幕节目的主持人找到他们，希望二人披露政客利用外星人来控制人类的真相。以此为契机，关闭已久的X档案重新开启。一度对各种离奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。 而这一路上，层层隐藏起来的真相以及人类可怕的未来，将相继呈现在他们的眼前……。本剧以抗战和解放战争为大背景，以西川大军阀埋下的惊天秘密为主要事件线；以商会杨少诚与军统站陈剑锋互相恩怨为主要关系线；以共产党地下特工、商会、军统站、土匪几方势力相交织……。记者云﹝邵仲衡﹞追查一油轮爆炸案真相，怀疑乃豪﹝曾江﹞为首之财团欺骗保险金所为，遂借着与豪女菁﹝刘碧仪﹞之关系，接近豪。 豪野心极大，为扩张势力，用诡计吞并权﹝叶尚华﹞之势力，并利用云揭穿权之犯罪证据，使权琅珰入狱。 此时，云好友栋﹝甄子丹﹞，因女友Candy惨死，怀疑此事乃豪手下朗﹝吴镇宇﹞所为，紧密追查，云从而开始怀疑豪。 云为调查真相，假意投入豪之犯罪集团，其女友玲﹝黎美娴﹞不明底蕴，对云齿冷，楷﹝戴志伟﹞乘虚而入追求玲。 云千辛万苦，终把豪、朗绳之于法，与惠玲复合，但最后才发觉原来另有幕后主使人……。