1942年

2022年——乃是忍者活跃期间的年代。所谓的忍术，对于该年代的人们来说，那已经是个日常，但也是个充满了新的运动竞赛方式。平常只是作为月薪制的工薪族生活，总是展现出被妹妹称为 “废物的是只擅长忍术吧” 的让人吃惊程度地狼狈不堪的样子的青年：神藏莲太郎，他的另一个身份是与暗之忍者军团·虹蛇相战斗的传说的忍者·假面骑士Shinobi。这是一个暗中保护他人，斩除堕落者的年轻忍者故事。座右铭为——“忍字意为斩刃之心！”。明朝皇帝朱寿，放荡不羁，胸无大志，不喜朝政。太后为稳定边疆，让朱寿和西域公主和亲，在娶亲路上，朱寿带着侍卫司马空逃跑，邂逅天下第一镖局慕容镖局凤倾城。宁王隐藏势力多年，就想有朝一日取而代之，见朱寿仅带了一个侍卫，便一路暗中追杀，无奈之下他们躲进了镖局的镖车内，当家人慕容大娘因此丧命。曾经辉煌一时的慕容镖局遇到了前所未有的危机，泼辣彪悍的凤倾城苦苦地支撑着镖局。朱寿无意中得知慕容大娘的死是因他而起，他决意男扮女装留在镖局，帮她重整旗鼓。在这过程中，他和凤倾城产生了微妙的感情。他发现原以为的盛世太平，却连一女人都活得如此艰辛。当各方势力汇聚，他们面对爱情和天下苍生时，又该如何抉择，何去何从？。