日本北海道所有中小学停课

阿清、阿荣等男孩生于风柜长于风柜，他们在高中毕业后等待征兵的日子里百无聊赖，每日通过赌博、打架、看白戏等形式来挥霍过量的精力。因为一次较严重的打架事件，也因对周遭环境的厌倦，他们怀揣几颗忐忑的心，离开风柜来到高雄。起始，自然只能如迷途羔羊般，在大都市的五光十色中乱撞。 　　在阿荣姐姐的帮助下，他们有了暂时的栖身处。而安稳下之后，阿清和阿荣因渐形成不同的世界观产生分歧。一封家书勾起阿清有关父亲的复杂回忆，加上眼见爱慕对象小杏与男友情感变故，阿清沉默了下来。。来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。。