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全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！。本片主人公小鹿迪尔是九色鹿王的后代，他父母是“木”领地的鹿王，被饕餮族的达大王长期囚禁，并逼迫为其提供鹿王能量，更麻烦的是达大王还派了凶猛的饕餮战士王大明去抓捕迪尔，以消灭和他对抗的潜在威胁。 少年迪尔决心接受挑战和使命，救出父母、保卫家园。他得到了来自五个领地使者的陪伴和帮助，在穿越五个领地的艰苦历程中，迪尔获得了特殊的力量；在经历了一系列考验和失败后，在朋友和其他精灵的帮助下，他获得了金、木、水、火、土五行的能量，最终来到金的领地战胜了达大王，救出了自己的父母。。