261号地区

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。十万年前，暗中布局万古的任行，在快要摧毁黑暗动乱的那一刻，被亲手培养的六大源神背叛，肉身被废之后，囚于绝境之域，两万年之后，八位大帝强者以身陨为代价，强行救出任行肉身，并将之藏匿八万年。八万年后，任行苏醒，他利用万古布局，在今世落下最后一子，走上了一条横推诸天之路！。单身父亲泰瑞·伯纳德（约什·卢卡斯 Josh Lucas 饰）独自抚养可爱的女儿安吉拉（Beatrice Miller 饰），...。